최근 중소기업의 절세 전략으로 각광받는 것 중 하나가 '기업부설 연구소' 설립을 통한 세액공제 방법이다. 이전에도 법인세 및 소득세를 합법적으로 줄일 수 있는 방안으로 활용돼 왔지만, 기업의 R&D 활동에 대한 관심과 혜택이 커지면서 전략적으로 활용하는 기업이 늘었다.

기업부설연구소는 일정 수 이상의 연구전담인력과 독립적 연구공간 확보 등 연구개발(R&D) 활동을 수행하기 위한 최소한의 요건을 갖추고 있는 기업 내 R&D 전담조직이다. 지난 1981년 제도 도입 이후 현재 기업부설 연구소 4만 5000여 개, 연구개발전담부서 3만 3000여 개 등 약 7만 8000여 개가 운영 중이다.

요즘처럼 기술경쟁이 과열된 시기에는 뜻하는 만큼 성장을 이루기 어렵다. 매출 상승은 고사하고 하락에 대비해야 할 만큼 경제 상황이 나쁜 시기에는 매출 증대에 몰두하기보다 비용 절감을 통해 사업자금을 확보하고, 비용을 최소화하는 것이 무엇보다 중요하다.

그런 의미에서 기업부설 연구소로 인정받게 되면 고용 지원 사업 명목을 갖게 되므로 미취업 청년을 고용할 경우, 인건비의 절반을 최대 1년까지 지원받을 수 있다. 또한 연구원의 부재를 방지하는 병역혜택도 주어진다. 연구목적으로 수입한 물품에 대해 80%까지 관세가 지원되며, 연구 비용 부담을 줄일 수 있다.

또한 국가개발 연구 사업에 참여할 수 있는 자격이 주어지며 연구비로 2억의 지원 혜택을 누릴 수 있고 연구 및 인력개발비에 대한 25%의 세액공제와 설비투자에 대한 10%의 세액공제 혜택을 받을 수 있으며, 연구목적의 부동산에 대한 지방세가 면제된다.

나아가 벤처기업 인증을 받게 될 경우 4년 동안 법인세 50%를 감면받게 된다. 또 취득세 75%, 재산세 50%를 감면받아 비용을 줄일 수 있다. 기업부설 연구소와 벤처기업 인증은 서로 시너지 효과를 주기 때문에 국가 연구개발 사업의 참여지원, 기술신용보증 특례제도 자금지원, 중소기업 판정 시 특별조치 등 정부 지원을 적극적으로 활용할 수 있다. 고용지원 사업에 따라 미취업 청년을 고용하면 인건비의 50%를 지원받아 최대 1년 동안 인건비를 줄일 수도 있다. 뿐만 아니라 연구원은 병역특례를 보장받기 때문에 연구전담 인력의 부재를 방지할 수 있다.

기업부설연구소를 설립하기 위해서는 중소기업에 허용되는 자격을 갖춘 소정의 연구 전담인력이 필요하다. 창업 일로부터 3년 이내로 소기업은 2명, 중기업은 5명 이상의 인원이 충족되어야 한다. 또한 독립된 연구 공간과 연구 시설을 갖춘 상태에서 구비 서류를 작성해 신고하면 심사를 통해 인정서가 발급된다.

하지만 혜택이 큰 만큼 사후관리가 까다롭다. 일부 기업은 조세지원 혜택이나 자금 지원을 받기 위해 사후관리 계획 없이 연구소를 설립하는 경우가 있지만, 한국산업기술진흥협회에서 정기적으로 사후관리를 진행하고 있으며 관리가 미흡한 기업에 대해서는 인정을 취소하고 있다. 기업부설 연구소 인정이 취소된다면 절세 혜택 및 연구소 설립 비용 면에서 손해가 크다.

따라서 대표자 또는 상호가 변경될 경우, 업종에 변화나 매출액 또는 자본금에 변화가 있을 경우, 본점이 기업부설 연구소 설립 당시와 달라졌을 경우, 자본금에 변화가 있는 경우, 연구 분야가 변경될 경우, 기업부설 연구소 공간 면적이 달라졌을 경우, 연구원의 이직 등이 포함된 직원 현황이 변경될 경우 등의 상황에는 반드시 신고가 필요하다. 또한 설립 요건과 절차도 복잡하기 때문에 전문가와 함께 진행하는 것이 효과적이다.

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